Ученые разработали и проверили набор генетических маркеров для пайзы (японского проса), которые позволяют точно классифицировать сорта этой злаковой культуры. С их помощью исследователи разделили 73 генотипа на четыре основные подгруппы с минимальным генетическим смешением. Результаты работы опубликованы в научном журнале BMC Plant Biology.
Исследователи проанализировали геном пайзы размером более 132 млн пар оснований и обнаружили свыше 290 тыс. коротких повторяющихся последовательностей ДНК (SSR), пригодных для генетического анализа. На основе этих данных они разработали почти 22 тыс. пар праймеров, отобрав из них для дальнейшей оценки 228 наиболее вариативных участков генома.
Для экспериментальной проверки из отобранных кандидатов случайным образом выбрали 100 маркеров и протестировали их на 73 генотипах пайзы. Из них 58 показали эффективную амплификацию, а 42 оказались полиморфными, то есть подтвердили свою пригодность для определения генетических связей между образцами.
Как отмечают авторы, это первое комплексное геномное исследование такого рода для пайзы, генетические ресурсы которой ранее были изучены слабо. Созданный набор маркеров станет инструментом для будущих исследований по картированию признаков и селекции сортов с улучшенными характеристиками. В ходе работы также выяснилось, что маркеры неравномерно распределены по геному, а их наибольшая плотность наблюдается в одном из субгеномов.